二抗在免疫学实验中起着举足轻重的作用，二抗的选择也决定了整个实验的成败。实验中在选择二抗时必须注意以下几点：

(1)一抗种属来源
主要根据一抗种属来源来决定确定二抗的类型，如一抗是小鼠来源，那二抗就买抗小鼠的即可(如羊抗小鼠、兔抗小鼠等均可)。

(2)一抗类型

二抗需与一抗的类别或亚类相匹配。这通常是针对单克隆抗体而言。多克隆抗体主要是IgG类免疫球蛋白，因此相应的二抗就是抗IgG抗体。
单克隆抗体的类别及亚类通常会在产品说明书中都会有描述，如果你的一抗是小鼠IgM，那么相应的二抗就应当是抗小鼠IgM。
如果单克隆一抗是小鼠IgG的某一亚类(IgG1，IgG2a，IgG2b，IgG3)，那么几乎所有的抗小鼠IgG都可以与之结合，或者你也可以选择专门针对这一亚类的二抗，例如，如果你的一抗是小鼠IgG1，那么你可以选择抗IgG1的二抗，此种抗体在双标记实验中尤其适合。
在不清楚一抗为何种类/亚类的情况下，可以选用抗相应物种IgG。

(3)标记物的选择
一般来讲，耦联到二抗上的探针主要有酶(辣根过氧化酶HRP和碱性磷酸酶AP或其衍生物APAAP，PAP)，荧光基团(FITC, RRX, TR, PE)和生物素。选用哪种探针的二抗主要取决于具体的实验。对于western blot和ELISA，常用的二抗是酶标二抗，而细胞或组织标记实验(细胞免疫化学，组织免疫化学，流式细胞术)中通常使用荧光基团标记的二抗，免疫组化中也可以使用辣根过氧化酶或碱性磷酸酶标记的二抗。如果想要更大程度的放大检测信号，可以使用biotin/avidin检测系统。