1. 电泳中，只有在恒压的条件下电泳期间蛋白质才可以保持恒定的迁移速率。
2. 电泳时出现不规则的迁移条带的原因多是电流不稳定。因此，要确保上下电泳槽中的电泳液与凝胶保持良好的接触。其他可能的原因包括：加样孔中加入的样品太多；样品中盐浓度太高；边缘效应。在凝胶边缘，迁移条带出现“微笑”状或样品迁移速度减慢，可能是因为凝胶的中间比两侧更热造成的，降低电压有助于改善这种情况。
3. 染色和脱色一般用最短的时间已足够。如果染色过夜，则需要更长的时间脱色。如果脱色后发现染色不彻底，还可以重新染色。
4. 非特异性的考马斯亮蓝染色主要是由于未溶解的染料沉积而成，应将染料溶液过滤后使用。
5. 样品缓冲液中煮沸的样品可以在-20℃保存数周，但是反复冻融会导致蛋白质降解。储存在-20℃的样品上样前，应该先使样品升温至室温，使得SDS沉淀溶解。
6. 样品不能沉到加样孔底部的原因是：sample loading buffer中没有足够量的甘油；或梳子安放不合适，使得加样孔底部留有聚合的丙烯酰胺。
7. 制样过程中，如果样品混合物变为黄色，说明溶液太酸，应加入NaOH调至蓝色，否则样品在电泳时会出现反常迁移。
8. 如果在4℃进行电泳，可以用十二烷基硫酸锂（LiDS）替代SDS，低温下LiDS不会沉淀。
9. 蛋白质条带的清晰与否取决于SDS的级别和品牌。
10. 丙烯酰胺有剧毒，可导致中枢神经麻痹，也可能有致癌或致畸变的作用。可被正常皮肤吸收。如果接触了丙烯酰胺粉末或溶液相，应立即用肥皂水冲洗。未聚合的丙烯酰胺应加入过量催化剂，以固体形式处理。